E con la terza stagione avviene la svolta della serie; non più solo episodi "simpatici", ma la maggior parte sono episodi basati su legami di continity(come il 3x4, 3x7, 3x19)o su trame particolarmente emozionanti (3x2, 3x9, 3x14, 3x20)
3x1 Amazzoni in amore
Kif, dopo l'avventura sul Titanic, si è innamorato di Amy, così Zapp Brannigan li organizza un appuntamento a 4, assieme a lui e Leela; il satelitte ristorante dove cenano precipita su un pianeta selvaggio, popolato da donne giganti. Bender e Fry vanno in salvataggio delle loro amiche, ma vengono intrappolati dalle amazzoni, assieme a Zapp e Kif, e condannati a morte attraverso lunghi rapporti sessuali con tutte le gigantesse della tribù.
Bender riuscirà a sedurre la robot che comanda segretamente tutte le amazzoni, così da far liberare i suoi compagni.
3x2 Un parassita perduto
Fry mangia un sandwich preso all'autogrill; tornato sulla Terra si accorgerà che è stato infestato da vermi microscopici, che stanno modificando il suo cervello raddoppiando la sua abilità cerebrale e fisica. Il Dottor Farnsworth, Bender, Zoidberg ed Hermes si rimpiccioliscono e, grazie ad una microscopica navicella, si introducono nell'organismo di Fry per distruggere la fonte dell'infestazione.
Intanto Leela esce assieme a Fry, rimanendo incantata dal romanticismo, la generosità, la forza e l'intelligenza del nuovo Fry; si fionda così alla base della Planet Express e dopo essersi rimpicciolita, impedisce a Fansworth di sterminare l'infezione. Continuando a frequentare il ragazzo, comincerà a sospettare che Leela sia innamorata solamente dei vermi che l'hanno infestato; si impegnerà per distruggerli personalmente, tornando poi da Leela in versione "normale", venendo respinto.
Un episodio molto bello, con la scena memorabile dell'olofono, lo strumento musicale in grado di proiettare immagini.
3x3 Aiuto, è Natale!
Fry, Bender e Leela si recano sul pianeta di Babbo Natale per consegnargli le lettere dei bambini; dopo aver intrappolato il malvagio Robot Santa, Bender lo sostituisce per distribuire regali. In città si aspettano però un Babbo Natale assassino, così arrestano Bender; per scagionarlo, Fry e Leela liberano Santa Robot, il quale effettuerà il suo giro di razzie assieme a Bender.
L'episodio è stato giudicato troppo violento e dissacrante, e in Italia è stato trasmesso sulla televisione in chiaro per la prima volta a fine 2007, sei anni dopo la messa in onda della terza stagione.
3x4 Il quadrifoglio
Il giovane Fry, nel XX secolo, aveva trovato un quadrifoglio a sette petali portafortuna; per ritrovarlo si inoltrerà tra le rovine della Vecchia New York, ma giunto nella sua antica casa scopre che il trifoglio non c'è più, probabilmente rubato da suo fratello. Fry capisce che suo fratello gli ha anche rubato nome e sogno, diventando famoso col suo nome, ma dopo una lunga ricerca scoprirà che in realtà il Fry divenuto famoso e il nipote del nostro eroe, chiamato così dal padre per rendere omaggio al fratello.
Prima apparizione dei genitori e del fratello di Fry, in un episodio che si affaccia sul passato mostrando risvolti commoventi di ciò che avvenuto nel periodo in cui Fry è rimasto ibernato.
3x5 Pingui-bot di Gel-catraz
Leela si rifiuta di partecipare a una missione della Planet Express nella quale avrebbe dovuto trasportare rifiuti spaziali, preferendo unirsi ad un gruppo si ambientalisti. Bender diventa il nuovo capitano, e durante il viaggio accidentalmente riversa un'enorme quantità di petrolio sui pinguini al Polo; per aver causato questo incidente sarà obbligato a collaborare con gli ambientalisti. Col passare del tempo, Bender si affeziona sempre di più ai pinguini, fino a condurre il loro stesso stile di vita. Ma il petrolio porterà a un incremento riproduttivo dei pinguini, che li porterà alla sovrappopolazioni: gli ambientalisti decidono di andare a caccia di pinguini per salvare la specie, ma Bender aiuterà i suoi nuovi "simili" a difendersi dagli umani, ma dopo aver vinto la battaglia verranno divorati in un sol boccone.
3x6 Il pizzetto ballerino
L'equipaggio della Planet Express scopre che Bender si aggira da sonnambulo piegando oggetti, danneggiando la base: il Professor Farnsworth capisce che il robot è obbligato a piegare per natura, e gli consiglia di andarsene, tornando solo quando avrà soddisfatto il suo istinto da piegare. di tornare solo quando avrà soddisfatto il suo istinto da piegatore.
Bender si farà assumere alla fabbrica dei Fratelli Curvetti, dove lavora anche Flexo; qui Bender incontra la robot piegatrice Angleyne, e i due si innamorano. Bender scopre cche Angleyne ha divorziato da Flexo, così si finge il suo ex-marito per scoprire se lei è ancora innamorata di lui. Bender scoprirà che Angleyne ama ancora Flexo, così Bender la lascerà essere felice con lui, tornando alla Planet Express senza alcuna voglia di piegare.
La scena in cui Bender va dietro le spalle di Angelina e assieme piegano una barra di metallo è una citazione della celebre scena del film
Ghost, di cui riprende anche la colonna sonora.
3x7 Cervello grosso, scarpa fine
La Terra viene attaccata da un esercito di cervelli volanti; Mordicchio riesce a scappare su una navicella, portando con sè Leela. Giunto sul suo pianeta natale, Mordicchio presenta a Leela i suoi simili; i mordicchiani sono spaventati dai cervelli volanti, in grado di rendere stupidi tutti gli individui, ma possono contare su una persona le cui onde cerebrali sono immuni a questi attacchi, Philip J. Fry.
Fry incontra il Grande Cervello, in una biblioteca e lo sfiderà con i suoi pensieri; dopo che il Grande Cervello avrà fatto viaggiare Fry e Leela attaverso alcuni romanzi, Fry scriverà una storia in cui i cervelli lasciano il Pianeta Terra, e grazie alle onde psichiche questo avverrà realmente.
Prima apparizione per l'Ipnorospo, figura che è riuscita a ritagliarsi la sua schiera di fan, con diverse apparizioni in futuro.
3x8 Un gambero da ridere
Il Dottor Zoidberg sogna di diventare un comico, ma si rende conto che non ha alcun talento; per imparare a far ridere andrà in vista al suo vecchio zio Harold Zoidberg, un vecchio attore comico di successo. Harold offrirà una parte a suo nipote nel suo nuovo film, a patto che egli finanzi la produzione: Bender riesce a convincere Calculon a partecipare, promettendogli che questo ruolo gli farà vincere un Oscar, ma alla prima proiezione, tutti si rendono conto che il film è pietoso. Zoidberg boicotta la cerimonia degli Oscar, ma all'ultimo momento deciderà di dare la statuetta dorata non a Calculon, ma a suo zio Harold.
3x9 Amore tecnologico
Leela va a una rimpatriata al suo vecchio orfanatrofio, dove un suo compagno divenuto chirurgo le propone di farsi aggiungere un occhio; la monocola, stanca di essere vista come una diversa, accetta. Leela, a suo agio con sè stessa, si fidanza col chirurgo; quando la coppia vuole adottare un bambino, il medico si rifiuta di scegliere una bambina diversa. Così Leela capirà che ha sbagliato tutto, e lo lascerà, obbligandolo a farla tornare una monocola.
Intanto Bender, scoprendo che il Governo fornisce un assegno mensile per chi adotta un bambino, ne prende in adozione ben dodici; col passare del tempo ci si affezionerà, ma li abbandona quando scopre che le spese sono superiori all'ammontare dell'assegno, rimanendo tuttavia affezionato a loro.
Un bell'episodio, toccante in particolar modo per la trama che affronta in modo profondo il tema della diversità.
3x10 La pietra dello scandalo
L'equipaggio dlla Planet Express va su Marte, in visita al ranch della famiglia Wong; qui Amy cerca di presentare Kif ai suoi genitori, i quali però non approvano la relazione della famiglia con l'alieno. Un tornado fa volare la mandria di scaramucche dei Wong, e per fare bella figura con i genitory di Amy, Kif si offre di recuperare la loro mandria.
Kif riesce a riportare al ranch le scaramucche, ma Amy viene rapita dai marziani; i coniugi Wong chiameranno Zapp Brannigann per salvare la loro figlia, con disappunto di Kif. I marziani si offriranno di liberare Amy solo se gli verrà restituita una loro antica pietra tribale; Zapp risolverà la situazione, ma alla fine Kif comprenderà che è meglio se i genitori di Amy non la apprezzano, basta che sia la figlia ad amarlo.
3x11 Infermità robotica
Fry e Bender sono in banca, quando Roberto, un robot vecchio amico di Bender, entra e commette una rapina; accidentalmente Fry e Bender lo aiutano, e così vengono processati. Entrambi saranno rinchiusi in un Centro di Insanità Mentale per Robot, dove Fry sarà messo a dura prova, fino ad uscirne convinto di essere un robot. Bender invece continuerà a commettere rapine assieme a Roberto, il quale però userà come ostaggio tutto l'equipaggio della Planet Express. Fry, convinto di essere un robot, affronterà Roberto, riuscendo a sconfiggerlo e portare e suoi amici in salvo.
Prima apparizione di Roberto.
3x12 Padri e figli
Cubert Farnsworth e Dwight (il figlio di Hermes) vengono sospesi per una settimana da scuola: Hermes e Farnsworth gli impongono di trovarsi un lavoro, così i due ragazzi organizzano un'attività di consegne, che in breve tempo ottiene grande successo, superando anche la Planet Express. Trovandosi in difficoltà con le consegne dei giornali, Cubert e Dwight saranno aiutati dal professore e da Hermes.
Intanto Fry e Leela cercheranno di produrre birra, facendola fermentare all'interno di Bender.
Menzione d'onore al Piccolo Principe di Saint-Exupéry, che viene scalzato via dal suo piccolo pianeta con un colpo di giornale sparato da un cannone. Spassoso.
3x13 Successo da paralisi
In un incidente, Bender rimane completamente paralizzato; in ospedale, incontrerà la testa del cantante Beck, che si è ricreato una carriera usando il corpo di un manichino. Bender andrà in tour con lui, suonando la fisarmonica grazie a due braccini metallici, diventando famoso proprio per via della sua immobilità.
Fry trova un vecchio furgoncino Volskwagen e a bordo di esso parte per seguire il tour di Beck e Bender. A un grande festival hippy, Bender scoprirà di potersi nuovamente muovere, e scatenandosi sul palco, attirerà le ire di tutti coloro che lo adoravano.
3x14 Un amore stellare
Gli Harlem Globetrotter arrivano sulla Terra, sfidando i terrestri a basket, con lo scopo di umiliarli; il professor Farnsworth crea dei giocatori mutanti, ma utilizza delle sostanze che distorcono la linea temporale. Per rimediare Fry, Leela e Bender vanno in missione per bloccare i salti temporali. Intanto Fry cerca di conquistare Leela e ci riesce, ma per via di un salto temporale non sa cosa sia; scoprirà di aver scritto con le stelle un messaggio d'amore a Leela, ma questo avverrà sfortunatamente poco prima della detonazione che, spostando le stelle, risitemerà la linea temporale.
La trama della partita di basket è una parodia del film Space Jam.
Molto divertente la fase iniziale della puntata, con i salti nel tempo. E ugualmente affascinante il finale malinconico, una caratteristica che compare diverse volte in Futurama, elemento sicuramente inusuale per una serie animata comica.
3x15 Sono uscito con un robot
Fry vuole realizzare il suo desiderio di uscire con una celebrità; per trasformare questo sogno in realtà, entra su Internet e scarica dal sito Nappster.com un software con l'aspetto di Lucy Liu per installarlo su un robot vuoto. Il rapporto per Fry diventa morboso, al punto che non riesce a staccarsi dal robot, innamorandosene. Per salvare il loro amico, Leela, Bender e Zoidberg si introducono nella sede di Nappster.com per farlo chiudere, ma scoprono che i gestori hanno rapito le teste delle celebrità di cui offrono il software. Qui i membri della Planet Express porteranno in salvo la testa della vera Lucy Liu, che li aiuterà a fuggire da un esercito di robot con le sue fattezze, e che convincerà Fry a disattivare il robot che copia illegalmente le sue caratteristiche.
3x16 Una Leela tutta speciale
Fry sfida a Blernsball (la versione del 30° secolo del baseball) un gruppo di alieni che ha aperto una pizzeria di fronte alla Planet Express; durante la partita amatoriale Leela viene notata da un manager sportivo, che la ingaggia per una squadra professionista.
La monocola capirà di essere usata solo come attrazione, rivelandosi la peggior giocatrice di sempre; si sottoporrà però a un rigido allenamento, ma causerà una clamorosa sconfitta per la sua squadra, confermandosi la giocatrice peggiore della storia del Blernsball
3x17 Un faraone da ricordare
Bender vuole diventare famoso a tutti i costi, sperando di essere ricordato per qualcuna delle sue opere, ma ogni suo tentativo fallisce.
La Planet Express effettua una consegna su Osiris 4, un pianeta uguale all'Antico Egitto. Dopo qualche giorno in cui Fry, Leela e Bender sono trattati da schiavi, il faraone Hermenthotip muore; Bender lo sostituirà manipolando le profezie e obbligando gli schiavi a costruire una gigantesca statua per farlo ricordare in eternità. Gli schiavi si ribellano seppellendo Bender nella sua tomba, ma grazie all'aiuto di Fry e Leela riesce a scappare.
3x18 Il gioco del Se Fossi 2
Tre nuove "avventure ipotetiche".
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E se Bender fosse un essere umano?
Il Professore inventa il modo per trasformare Bender in un uomo; una volta trasformato, Bender si godrà i piaceri che non poteva apprezzare da robot, come il cibo e la danza. Diventerà un obeso, ucciso dalla sua stessa tendenza a gozzovigliare.
Da notare come i vestiti di Bender siano ua maglia bianca e un paio di jeans, gli stessi vestiti indossati da Homer Simpson.
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E se la vita assomigliasse a un videogame?
La Terra viene invasa dai Nintendiani, un gruppo di esseri provenienti dai videogiochi; il presidente USA chiama in soccorso Fry per la sua abilità con i videogame, ma non riuscirà a vincere uno scontro a Space Invaders
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E se Leela trovasse la sua vera casa?
Proprio come nel Mago di Oz, Leela vuole cercare di tornare al suo paese d'origine. Sulla sua strada incontrerà Fry-Spaventapasseri , Bender-Uomodilatta e Zoidberg-leone. Ad esaudire le richieste dei quattro personaggi ci sarà Fansworth-MagodiOz; Leela però all'ultimo momento capirà che il suo vero sogno è di diventare una strega.
3x19 Il nonno di se stesso
La navicella Planet Express finisce in una breccia spaziotemporale, e così viene trasportata nel 1947. In quell'anno l'esercito USA ritrova una navicella extra-terrestre, che in realtà è il corpo di Bender; i militari catturano anche un alieno, ovvero Zoidberg.
Intrufolandosi nella base per recuperare il corpo di Bender, Fry incontra suo nonno; accidentalmente causerà la sua morte, ma nonostante questo dovrebbe far scomparire Fry, il ragazzo continua ad esistere. Fry consolerà sua nonna, finendo per andare a letto con lei; la metterà in cinta diventando lui stesso suo nonno.
Intanto Leela e Farnsworth si mettono alla ricerca di un forno a microonde, indispensabile per far tornare la navicella nel XXX secolo. Irromperanno a bordo della navicella nella base militare, dove ruberanno il forno a microonde, e porteranno in salvo Bender e Zoidberg.
L'episodio è di fondamentale importanza per la continuity della serie: l'essere il nonno di sè stesso fa di Fry un individuo speciale per cui sarà immune all'attacco dei cervelli fluttuanti, motivo per il quale è stato traportato nel futuro.
Questa puntata ha fatto vincere nel 2002 un Emmy a Futurama per miglior serie animata, e un Annie per la migliore regia in una serie tv. La situazione in cui si trova Fry con sua nonna ricorda la situazione di Marty McFly nel primo
Ritorno al Futuro.
3x20 Il mestiere di Dio

Bender viene sbalzato nello spazio, dove un microscopico asteroide lo colpisce e si ferma sul suo petto; sulla roccia abita una comunità di esseri minuscoli, che riconosce Bender come proprio Dio. Il popolo si evolverà come una vera e propria comunità plaetaria, attraverso religioni, guerre e politica.
Intanto Fry e Leela si recano in un monastero di monaci per farsi rivelare l'ubicazione di Bender, e ci riusciranno contattando addirittura Dio.
L'episodio è interessante per la lettura teologica che se ne può fare; nonostante il tema sia trattato con leggerezza e ironia, si può tranquillamente trovare uno strato di lettura decisamente più profondo.
3x21 Manager d'assalto
Fry conosce un manager nato negli anni '80, sottopostosi a una cura criogenica per curare la sua malattia, e lo propone come presidente della Planet Express; Quel Tizio riuscirà ad insediarsi e a portare la società al successo, puntndo tutto sull'immagine. Raggiunta la vetta, Quel Tizio licenzierà tutto lo staff e venderà la PlanetExpress a Mamma, che non vuole avere concorrenza pericolosa. Quel Tizio morirà però all'improvviso, essendosi dimenticato le cure per la sua malattia, impegnato com'era a gestire gli affari della Planet Express, e Fry impedirà la vendita dell'azienda.
3x22 Sfida ai fornelli
Bender si accorge che la sua cucina è detestata da tutti, così supplica Elzar di insegnargli a cucinare, ma il celebre cuoco rifiuta. Si imbarcherà su una navicella assieme a un gruppo di barboni dove incontrerà Helmut Spargel, un vecchio cuoco caduto in disgrazia per colpa di Elzar; Spargel insegnerà i trucchi del mestiere a Bender, che utilizzerà le nozioni apprese per scnfiggere Elzar in una sfida ai fornelli.
Viene qui ripreso il ruolo originario di Bender, che era stato ideato come il cuoco della Planet Express.
Durante l'allenamento culinario di Bender si sente la musica di Karate Kid, e la scena in cui sbuccia la patata è ispirata da
Guerre Stellari - Una Nuova Speranza